Forskningen ved Jødisk museum i Oslo berører flere forskjellige, men likevel nært forbudne temafelter: Den jødiske minoritetens historie i Norge, antisemittismen i fortid og nåtid, og de norske jødenes skjebne under Holocaust. Staben som befatter seg med forskning ved muséet er samtidig svært liten. Per 2003 består den av faglig leder, samt en ansatt forsker. Dette medfører at forskningsarbeidet i all hovedsak består av individuelle prosjekter, snarere enn store, kollektive satsningsområder. Det må også påpekes at samlingsforvalter ved JMO har utført betydelig grunnforskning på mikroplan gjennom arbeidet med Snublesteinsprosjektet.    

Det har de siste årene pågått et forskningsarbeid ved muséet som utforsker antisemittismen i Norge etter 1945. Til nå har dette prosjektet resultert i flere fagfellevurderte artikler på norsk og engelsk. Prosjektet ferdigstilles i løpet av 2023, og vil da munne ut i en monografi. Ansvarlig for prosjektet er forsker Kjetil Braut Simonsen. Det er også planlagt en antologi som omhandler ulike problemstillinger knyttet til motstandsbevegelsen og jødene under andre verdenskrig. Faglig leder ved JMO, Mats Tangestuen, er redaktør for dette arbeidet. Det har også pågått noe forskning ved muséet om antisemittismen under den tyske okkupasjonen. Noen av disse arbeidene publiseres i løpet av 2023. 

I 2024 ønsker vi til dels å videreføre forskningen på den norske antisemittismens historie, herunder særlig jødiske reaksjoner på antisemittismen – både før, under og etter Holocaust. I tillegg ønsker vi også i større grad enn tidligere å løfte frem temaer knyttet til jødisk innvandring og identitet – i fortid og nåtid. Mer konkret planlegges det en større forskningskonferanse i løpet av 2024 som omhandler jødisk motstand under nazismen, andre verdenskrig og Holocaust. Det er også under planlegging et doktorgradsprosjekt om dette temaet, med vekt på Norge.