Pågående prosjekter
De siste årene har forskning knyttet til Holocaust i Norge og antisemittisme stått sentralt for museet, blant annet som grunnlag for utstillingen «Husk oss til livet» (2012). Lærerverktøyet «Antisemittisme - før og nå» (2017) inneholder flere dybdeartikler utviklet spesielt for denne nettressursen. Forskningsprosjektene har
også berørt innvandring, integrering, idrettsliv og militærtjeneste. Ved siden av rene forskningsprosjekter er museets historikere engasjert i mikroforskning. Dette gjelder særlig ved utarbeidelsen av biografiene til
snublestein.no, men også i veiledning av forfattere, filmskapere, lærere og andre, samt hjelp til slektsforskere.

Prosjekt om antisemittisme i Norge fra 1814 til 1945
Som et ledd i museets arbeid mot antisemittisme er det igangsatt et prosjekt om antisemittismen i Norge mellom 1814 og 1945. Prosjektets hovedformål er å samle trådene fra de mange ulike spesialstudiene som finnes om antisemittismens i Norge i denne perioden, og presentere lange linjer i form av en historisk syntese. Innenfor enkelte områder vil det samtidig være behov for ny grunnforskning. Arbeidet, som foreløpig er i startfasen, skal munne ut i en bok.

Integrasjon og tradisjon
Forholdet mellom integrasjon og tradisjon er et viktig tema både innenfor den brede minoritetsforskningen og i jødisk historie. I 2024 vil det forskes videre på dette temaet ved JMO, med vekt på perioden før 1940. Arbeidet vil understøtte utstillingsarbeidet ved museet, men det siktes også mot å produsere en fagartikkel om temaet.

Jødisk motstand under okkupasjonen
I JMOs første utstilling Friheten vinnes ikke bare én gang, fra 2008, satt museet søkelyset på jødiske krigsdeltakere fra Norge. Forarbeidet til utstillingen viste at den jødiske gruppen hadde en prosentvis høyere deltakelse i væpnet mostand enn majoritetsbefolkningen. Samtidig gikk det rykter om det motsatte. Et nystartet doktorgradsprosjekt vil ta dette arbeidet videre, samt analysere andre former for motstand jøder ble involvert i her og utenfor landets grenser under krigen.