De siste årene har forskning knyttet til Holocaust i Norge og antisemittisme stått sentralt for museet, blant annet som grunnlag for utstillingen «Husk oss til livet» (2012). Lærerverktøyet «Antisemittisme - før og nå» (2017) inneholder flere dybdeartikler utviklet spesielt for denne nettressursen. Forskningsprosjektene har også berørt innvandring, integrering, idrettsliv og militærtjeneste.
Ved siden av rene forskningsprosjekter er museets historikere engasjert i mikroforskning. Dette gjelder særlig ved utarbeidelsen av biografiene til snublestein.no, men også i veiledning av forfattere, filmskapere, lærere og andre, samt hjelp til slektsforskere.
Prosjekt om antisemittisme i Norge etter 1945
Som et ledd i museets arbeid mot antisemittisme er det igangsatt et prosjekt om antisemittismen i Norge etter 1945. Prosjektet skal undersøke antisemittismens utbredelse, uttrykksformer og virkninger i Norge i perioden mellom 1945 og frem til vår egen tid: Sentrale problemstillinger er blant annet: Hvordan antisemittismens uttrykksformer ble videreført i et samfunnsklima der nazisme og høyreekstremisme hadde blitt en referanse for absolutt ondskap? På hvilke måter endret antisemittismen seg som følge av Holocausterfaringen?